Applicazione della spettrometria di massa MALDI-TOF in microbiologia clinica

Abstract

Riassunto

La spettrometria di massa (MS) nata negli anni ’70 trova oggi, grazie alla tecnologia Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF), importanti applicazioni in diversi settori: biotecnologico (per la caratterizzazione ed il controllo di qualità di proteine ricombinanti ed altre macromolecole), medico–clinico (per la diagnosi di laboratorio di malattie e per lo sviluppo di nuovi trattamenti terapeutici mirati), alimentare ed ambientale. Negli ultimi anni, questa tecnologia è diventata un potente strumento anche per la diagnosi di laboratorio in microbiologia clinica, rivoluzionando il flusso di lavoro per una rapida identificazione di batteri e funghi, sostituendo l’identificazione fenotipica convenzionale basata su saggi biochimici. Attualmente mediante MALDI-TOF MS sono possibili due diversi approcci per la caratterizzazione dei microrganismi: (1) confronto degli spettri (“mass spectra”) con banche dati contenenti profili di riferimento (“database fingerprints”) e (2) “matching” di bio-marcatori con banche dati proteomiche (“proteome database”). Recentemente, la tecnologia MALDI-TOF, oltre alla sua applicazione classica nell’identificazione di microrganismi, è stata utilizzata per individuare, indirettamente, meccanismi di resistenza agli antibiotici. Primo scopo di questo studio è stato verificare e dimostrare l’efficacia identificativa della metodica MALDI-TOF MS mediante approccio di comparazione degli spettri di differenti microrganismi di interesse medico per i quali l’identificazione risultava impossibile a causa della completa assenza o presenza limitata, di spettri di riferimento all’interno della banca dati commerciale associata allo strumento. In particolare, tale scopo è stato raggiunto per i batteri appartenenti a spirochete del genere Borrelia e Leptospira, a miceti filamentosi (dermatofiti) e protozoi (Trichomonas vaginalis). Secondo scopo di questo studio è stato valutare il secondo approccio identificativo basato sulla ricerca di specifici marcatori per differenziare parassiti intestinali di interesse medico per i quali non è disponibile una banca dati commerciale di riferimento e la sua creazione risulterebbe particolarmente difficile e complessa, a causa della complessità del materiale biologico di partenza analizzato e del terreno di coltura nei quali questi protozoi sono isolati. Terzo ed ultimo scopo di questo studio è stata la valutazione dell’applicabilità della spettrometria di massa con tecnologia MALDI-TOF per lo studio delle resistenze batteriche ai carbapenemi. In particolare, è stato messo a punto un saggio di idrolisi dei carbapenemi rilevata mediante MALDI-TOF MS in grado di determinare indirettamente la produzione di carbapenemasi in Enterobacteriaceae. L’efficacia identificativa della metodica MALDI-TOF mediante l’approccio di comparazione degli spettri è stata dimostrata in primo luogo per batteri appartenenti al genere Borrelia. La banca dati commerciale dello strumento MALDI-TOF MS in uso presso il nostro laboratorio includeva solo 3 spettri di riferimento appartenenti alle specie B. burgdorferi ss, B. spielmani e B. garinii. L’implementazione del “database” con specie diverse da quelle già presenti ha permesso di colmare le lacune identificative dovute alla mancanza di spettri di riferimento di alcune tra le specie di Borrelia più diffuse in Europa (B. afzelii) e nel mondo (come ad esempio B. hermsii, e B. japonica). Inoltre l’implementazione con spettri derivanti da ceppi di riferimento di specie già presenti nel “database” ha ulteriormente migliorato l’efficacia identificativa del sistema. Come atteso, il ceppo di isolamento clinico di B. lusitaniae (specie non presente nel “database”) è stato identificato solo a livello di genere corroborando, grazie all’assenza di mis-identificazione, la robustezza della “nuova” banca dati. I risultati ottenuti analizzando i profili proteici di ceppi di Borrelia spp. di isolamento clinico, dopo integrazione del “database” commerciale, indicano che la tecnologia MALDI-TOF potrebbe essere utilizzata come rapida, economica ed affidabile alternativa ai metodi attualmente utilizzati per identificare ceppi appartenenti a questo genere. Analogamente, per il genere Leptospira dopo la creazione ex-novo della banca dati “home-made”, costruita con i 20 spettri derivati dai 20 ceppi di riferimento utilizzati, è stata ottenuta una corretta identificazione a livello di specie degli stessi ceppi ri-analizzati in un esperimento indipendente condotto in doppio cieco. Il dendrogramma costruito con i 20 MSP-Spectra implementati nella banca dati è formato da due rami principali: il primo formato dalla specie non patogena L. biflexa e dalla specie a patogenicità intermedia L. fainei ed il secondo che raggruppa insieme le specie patogene L. interrogans, L. kirschneri, L. noguchii e L. borgpetersenii. Il secondo gruppo è ulteriormente suddiviso in due rami, contenenti rispettivamente L. borgpetersenii in uno e L. interrogans, L. kirschneri e L. noguchii nell’altro. Quest’ultimo, a sua volta, è suddiviso in due rami ulteriori: il primo comprendente la sola specie L. noguchii, il secondo le specie L. interrogans e L. kirshneri non separabili tra loro. Inoltre, il dendrogramma costruito con gli MSP-Spectra dei ceppi appartenenti ai generi Borrelia e Leptospira acquisiti in questo studio, e appartenenti al genere Brachyspira (implementati in un lavoro precedentemente condotto) mostra tre gruppi principali separati tra loro, uno per ogni genere, escludendo possibili mis-identificazioni tra i 3 differenti generi di spirochete. Un’analisi più approfondita dei profili proteici ottenuti dall’analisi ha mostrato piccole differenze per ceppi della stessa specie probabilmente dovute ai diversi pattern proteici dei distinti sierotipi, come confermato dalla successiva analisi statistica, che ha evidenziato picchi sierotipo-specifici. È stato, infatti, possibile mediante la creazione di un modello statistico dedicato ottenere un “pattern” di picchi discriminanti in grado di differenziare a livello di sierotipo sia i ceppi di L. interrogans sia i ceppi di L. borgpetersenii saggiati, rispettivamente. Tuttavia, non possiamo concludere che i picchi discriminanti da noi riportati siano universalmente in grado di identificare il sierotipo dei ceppi di L. interrogans ed L. borgpetersenii; i picchi trovati, infatti, sono il risultato di un’analisi condotta su uno specifico pannello di sierotipi. È stato quindi dimostrato che attuando piccoli cambiamenti nei parametri standardizzati come l’utilizzo di un modello statistico e di un programma dedicato applicato nella routine diagnostica è possibile utilizzare la spettrometria di massa MALDI-TOF per una rapida ed economica identificazione anche a livello di sierotipo. Questo può significativamente migliorare gli approcci correntemente utilizzati per monitorare l’insorgenza di focolai epidemici e per la sorveglianza degli agenti patogeni. Analogamente a quanto dimostrato per Borrelia e Leptospira, l’implementazione della banca dati dello spettrometro di massa con spettri di riferimento di miceti filamentosi (dermatofiti) si è rilevata di particolare importanza non solo per l’identificazione di tutte le specie circolanti nella nostra area ma anche per l’identificazione di specie la cui frequenza nel nostro Paese è in aumento a causa dei flussi migratori dalla zone endemiche (M. audouinii, T. violaceum e T. sudanense). Inoltre, l’aggiornamento del “database” ha consentito di superare la mis-identificazione dei ceppi appartenenti al complesso T. mentagrophytes (T. interdigitale e T. mentagrophytes) con T. tonsurans, riscontrata prima dell’implementazione della banca dati commerciale. Il dendrogramma ottenuto dai 24 spettri implementati appartenenti a 13 specie di dermatofiti ha rivelato raggruppamenti che riflettono quelli costruiti su base filogenetica. Sulla base dei risultati ottenuti mediante sequenziamento della porzione della regione ITS del genoma fungino non è stato possibile distinguere T. interdigitale e T. mentagrophytes, conseguentemente anche gli spettri di queste due specie presentavano picchi dello stesso peso molecoalre. Da sottolineare che il dendrogramma costruito con i 12 profili proteici già inclusi nel database commerciale e con i 24 inseriti nel nuovo database non riproduce l’albero filogenetico per alcune specie del genere Tricophyton: gli spettri MSP già presenti nel database e quelli aggiunti delle specie T. interdigitale e T. mentagrophytes raggruppano separatamente. Questo potrebbe spiegare le mis-identificazioni di T. interdigitale e T. mentagrophytes con T. tonsurans ottenute prima dell’implementazione del database. L’efficacia del sistema identificativo MALDI-TOF è stata anche dimostrata per microrganismi diversi da batteri e funghi per i quali la metodica originale è stata sviluppata. Sebbene tale sistema identificativo sia stato applicato con successo a Trichomonas vaginalis è stato necessario apportare modifiche nei parametri standard previsti per l’identificazione di batteri e funghi. Le interferenze riscontrate tra i profili proteici ottenuti per i due terreni utilizzati per la coltura di questo protozoo e per i ceppi di T. vaginalis hanno, infatti, reso necessario l’utilizzo di nuovi parametri per la creazione degli spettri di riferimento (MSP-Spectra). L’importanza dello sviluppo del nuovo metodo risiede nel fatto che è possibile identificare sulla base del profilo proteico (e non sulla base di singoli marcatori) microorganismi cresciuti su terreni complessi che potrebbero presentare picchi nell'intervallo di peso molecolare utilizzato a scopo identificativo: metaboliti, pigmenti e nutrienti presenti nel terreno possono interferire con il processo di cristallizzazione e portare ad un basso punteggio identificativo. Per T. vaginalis, in particolare, la “sottrazione” di picchi dovuti a molecole riconducibili al terreno di crescita utilizzato, è stata ottenuta escludendo dall'identificazione l'intervallo di peso molecolare compreso tra 3-6 kDa, permettendo la corretta identificazione di ceppi di isolamento clinico sulla base del profilo proteico. Tuttavia, l’elevata concentrazione di parassita richiesta (105 trofozoiti/ml) per una corretta identificazione, difficilmente ottenibile in vivo, ha impedito l’identificazione di ceppi di T. vaginalis direttamente in campioni clinici. L’approccio identificativo mediante individuazione di specifici marcatori proteici (secondo approccio identificativo) è stato provato ed adottato in questo studio per l’identificazione e la differenziazione di ceppi di Entamoeba histolytica (ameba patogena) ed Entamoeba dispar (ameba non patogena), specie morfologiacamente identiche e distinguibili solo mediante saggi molecolari (PCR) aventi come bersaglio il DNA-18S, che codifica per l’RNA della subunità ribosomiale minore. Lo sviluppo di tale applicazione ha consentito di superare l’impossibilità della creazione di una banca dati dedicata, a causa della complessità del materiale fecale di partenza e del terreno di coltura impiagato per l’isolamento, e di identificare 5 picchi proteici in grado di differenziare E. histolytica da E. dispar. In particolare, l’analisi statistica ha mostrato 2 picchi specifici per E. histolytica e 3 picchi specifici per E. dispar. L’assenza dei 5 picchi discriminanti trovati per E. histolytica e E. dispar nei profili dei 3 differenti terreni di coltura utilizzati in questo studio (terreno axenico LYI-S-2 e terreno di Robinson con e senza E. coli) permettono di considerare questi picchi buoni marcatori in grado di differenziare le due specie. La corrispondenza dei picchi con il PM di due specifiche proteine di E. histolytica depositate in letteratura (Amoebapore A e un “unknown putative protein” di E. histolytica ceppo di riferimento HM-1:IMSS-A) conferma la specificità dei picchi di E. histolytica identificati mediante analisi MALDI-TOF MS. Lo stesso riscontro non è stato possibile per i picchi di E. dispar in quanto nessuna proteina del PM di interesse è presente in GenBank. Tuttavia, va ricordato che non tutte le proteine E. dispar sono state ad oggi caratterizzate e depositate in letteratura. I 5 marcatori hanno permesso di differenziare 12 dei 13 ceppi isolati da campioni di feci e cresciuti in terreno di Robinson confermando i risultati ottenuti mediante saggio di Real-Time PCR. Per un solo ceppo di isolamento clinico di E. histolytica l’identificazione, confermata mediante sequenziamento della porzione 18S-rDNA, non è stata ottenuta mediante sistema MALDI-TOF MS in quanto non sono stati trovati né i picchi corrispondenti a E. histolytica né i picchi corrispondenti a E. dispar. Per questo ceppo è possibile ipotizzare la presenza di mutazioni geno/fenotipiche a livello delle proteine individuate come marcatori specifici per E. histolytica. Per confermare questa ipotesi sarebbe necessario analizzare un numero maggiore di ceppi di isolamento clinico con analogo profilo proteico. L’analisi condotta a diversi tempi di incubazione del campione di feci positivo per E. histolytica ed E. dipar ha mostrato il ritrovamento dei 5 picchi discriminanti solo dopo 12 ore dall’inoculo del campione nel terreno iniziale di Robinson. Questo risultato suggerisce la possibile applicazione del sistema MALDI-TOF MS per identificare ceppi di isolamento clinico di E. histolytica ed E. dipar nonostante la presenza di materiale fecale che materialmente può disturbare e rendere difficile l’interpretazione dello spettro ottenuto mediante analisi MALDI-TOF MS. Infine in questo studio è stata valutata l’applicabilità della tecnologia MALDI-TOF MS come saggio fenotipico rapido per la determinazione di ceppi produttori di carbapenemasi, verificando l'avvenuta idrolisi del meropenem (carbapeneme di riferimento utilizzato in questo studio) a contatto con i ceppi di riferimento e ceppi di isolamento clinico potenzialmente produttori di carbapenemasi dopo la messa a punto di un protocollo analitico dedicato. Il saggio di idrolisi del meropenem mediante MALDI-TOF MS ha dimostrato la presenza o l’assenza indiretta di carbapenemasi nei 3 ceppi di riferimento e nei 1219 (1185 Enterobacteriaceae e 34 non-Enterobacteriaceae) ceppi di isolamento clinico inclusi nello studio. Nessuna interferenza è stata riscontrata per i ceppi di Enterobacteriaceae variamente resistenti ai tre carbapenemi ma risultati non produttori di carbapenemasi mediante i saggi fenotipici comunemente impiegati nella diagnostica routinaria di laboratorio: nessuna idrolisi del farmaco è stata infatti osservata al saggio di idrolisi mediante MALDI-TOF MS. In un solo caso (ceppo di K. pneumoniae N°1135) è stato ottenuto un profilo anomalo in quanto presenti sia i picchi del farmaco intatto che quelli del farmaco idrolizzato. Per questo ceppo resistente ai tre carbapenemi saggiati, negativo ai saggi fenotipici per la presenza di carbapenemasi, è stata dimostrata la presenza del gene blaKPC mediante Real-Time PCR. Per questo ceppo si può ipotizzare la presenza di mutazioni a carico del gene blaKPC che sebbene non interferiscano con il suo rilevamento mediante PCR (Real-Time PCR positiva), potrebbero condizionare l’attività della proteina prodotta (Saggio di Hodge modificato e Test di Sinergia negativi) riducendone la funzionalità come dimostrato, mediante analisi MALDI-TOF MS, dalla presenza dei picchi relativi sia all’idrolisi del farmaco sia dei picchi relativi al farmaco intatto. Questa ipotesi dovrebbe essere confermata mediante sequenziamento del gene blaKPC e successiva analisi strutturale della sequenza amminoacidica deducibile. L’utilizzo della tecnologia MALDI-TOF MS per la verifica dell’avvenuta idrolisi del maropenem è risultato un saggio fenotipico indiretto in grado di distinguere, al pari del test di Hodge modificato impiegato comunemente nella routine diagnostica in microbiologia, un ceppo produttore di carbapenemasi da un ceppo non produttore sia per scopi diagnostici che per la sorveglianza epidemiologica. L’impiego del MALDI-TOF MS ha mostrato, infatti, diversi vantaggi rispetto ai metodi convenzionali (Saggio di Hodge modificato e Test di Sinergia) impiegati nella routine diagnostica di laboratorio i quali richiedono personale esperto per l’interpretazione del risultato e lunghi tempi di esecuzione e di conseguenza di refertazione. La semplicità e la facilità richieste per la preparazione dei campioni e l’immediata acquisizione dei dati rendono questa tecnica un metodo accurato e rapido. Inoltre, il metodo risulta conveniente dal punto di vista economico, con un costo totale stimato di 1,00 euro per ceppo analizzato. Tutte queste considerazioni pongono questa metodologia in posizione centrale in ambito microbiologico anche nel caso del rilevamento di ceppi produttori di carbapenemasi. Indipendentemente dall’approccio identificativo utilizzato, comparato con i metodi convenzionali il MALDI-TOF MS conferisce in molti casi un guadagno in termini di tempo di lavoro tecnico (procedura pre-analititca per la preparazione dei campioni) e di tempo di ottenimento dei risultati (procedura analitica automatizzata). Questo risparmio di tempo si accentua quando sono analizzati in contemporanea un maggior numero di isolati. Inoltre, la semplicità e la facilità richieste per la preparazione dei campioni e l’immediata acquisizione dei dati rendono questo un metodo di identificazione accurato e rapido risultando più conveniente anche dal punto di vista economico, con un costo totale di 0,50 euro (materiale consumabile) per ceppo analizzato. I risultati ottenuti dimostrano che la spettrometria di massa MALDI-TOF sta diventando uno strumento importante in microbiologia clinica e sperimentale, data l’elevata efficacia identificativa, grazie alla disponibilità sia di nuove banche dati commerciali sia di aggiornamenti delle stesse da parte di diversi utenti, e la possibilità di rilevare con successo anche se in modo indiretto le antibiotico-resistenze.

Abstract Mass spectrometry (MS), developed in the 70’s, thanks to the Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) technology has been important applications in different fields: biotechnological (for the characterization and quality control of recombinant proteins and other macromolecules), medical-clinical (for laboratory diagnosis of diseases and for the development of new targeted therapeutic treatments), food and environmental. In the last few years, MALDI-TOF has become a powerful tool in the clinical microbiology setting and has revolutionised the work-flow also in our laboratory, enabling the rapid identification of bacteria and yeasts for clinical diagnosis, replacing the conventional phenotypic identification based on biochemical assays. Nowadays, two general MALDI-TOF MS methods have been proposed to characterize microorganisms: (1) mass spectra comparison with fingerprints database and (2) matching of biomarker masses to a proteome database. Recently, an other application of MALDI-TOF MS was proposed for the detection of β-lactamases, especially carbapenemases. The first aim of this study was to assess the usefullness of a new implemented database for MALDI-TOF MS by using the approach of mass spectra comparison for the identification of bacteria and yeasts for which the previous identification by the commercially available database failed due to the absence, the presence of mistakes or incomplete reference spectra. In particular, this was obtained for bacteria belonging to spirochaetes of the genera Borrelia and Leptospira, for filamentous fungi (dermatophytes) and for protozoa (Trichomonas vaginalis). The second aim of this study was to evaluate specific biomarkers for the identification and the differentiation of intestinal parasites for which a reference database is not available and its creation would be difficult due to the complexity of the biological material (faeces) analysed for their detection or the culture media (Robinson’s media) used for their cultivation. The last aim of this study was the evaluation of the applicability of MALDI-TOF MS for the study of the resistance to carbapenem by Gram-negative bacteria. In particular, a carbapenem hydrolysis assay by MALDI-TOF MS was developed in order to detect the carbapenemase production in Enterobacteriaceae. The main results reported in this study are of some interest for the application of MALDI-TOF MS in a laboratory of clinical microbiology. The effectiveness of a new database for the identification by MALDI-TOF MS based on the approach of mass spectra comparison was firstly proved for the genus Borrelia. The commercial database of the mass spectrometer currently used in our laboratory (MALDI Biotyper, Bruker Daltonics, Germany) for microbial identification, included only 3 reference spectra belonging to the species B. burgdorferi senso strictu, B. garinii, and B. spielmanii. The database was supplemented with the missing spectra belonging to Borrelia species circulating in Europe (B. afzelii) and in the world (such as B. hermsii and B. japonica), overcoming the lack of reference profile for these species in the commercial MALDI-TOF MS database. Moreover, the supplementation of the database with spectra deriving from other reference strains of the Borrelia species already present in the original database provided the evidence of the usefulness of MALDI-TOF MS for a more reliable identification of these bacteria. The result obtained on a strain of B. lusitaniae not included in the original database and identified at genus level only after its supplementation as well as those obtained at species level for the other Borrelia spp. clinical isolates, showed that MALDI-TOF MS could be used as a rapid, cheap and reliable alternative to the conventional and routine identification methods in clinical microbiological laboratories to identify strains belonging to this genus. Similarly, for the genus Leptospira, after the “ex-novo” creation of the “home-made” database with 20 reference spectra belonging to 20 reference strains, a correct identification at species level was obtained for the same strains when a second blind independent experiment was performed. The dendrogram obtained reflects the phylogenetic tree based on the 16SrRNA sequencing reported in the literature showing Leptospira species clustered according to their pathogenicity (pathogenic and saprophytic strains clearly separated into different clusters) and confirms the comparability of the results obtained by mass spectrometry and by molecular typing methods. L. biflexa and L. fainei were located in a branch while L. interrogans, L. kirschneri, L. noguchii and L. borgpetersenii clusterised in a separate one. The latter was further divided into two groups respectively containing, L. borgpetersenii on one side and L. interrogans, L. kirschneri, and L. noguchii on the other side. Moreover, the dendrogram built with the MSP-Spectra of the strains belonging to the genera Borrelia and Leptospira, analysed in this study and to the genus Brachyspira (supplemented in a previous study) showed 3 main separated clusters, one for each genus, excluding the possible mis-identification among these 3 different genera of spirochaetes. It was also interesting to observe little differences among the profiles of the analysed Leptospira strains within a given species (namely L. interrogans and L. borgpetersenii, for which more than one strain was analysed), probably due to the presence of differences among the protein patterns of distinct serovars, as subsequently confirmed by using ClinProTools statistical software that showed serovar-specific peaks. As a matter of fact, after the creation of a statistical algorithm, it was possible to discriminate at serovar level both the L. interrogans and L. borgpetersenii strains tested. However, we cannot definitely conclude that we identified universal serovar-specific peaks, since we used a selected panel of serovars in this study. Our results demonstrated that MALDI-TOF MS followed by the analysis with statistical software could be used as a first-line assay for the rapid, cheap and reliable identification of Leptospira strains also at the serovar level, limited to those analysed in this study. This features could significantly improve the approaches currently used to monitor the occurence of epidemiological outbreaks and pathogen surveillance. As already demonstrated for Borrelia and Leptospira, the supplementation of the mass spectrometer database with reference spectra of filamentous fungi (dermatophytes) was important not only for the identification of the dermatophytes species more frequently isolated in our area but also for the identification of those species of dermatophytes whose frequency was increased due to migration flows from endemic area (Microsporum audouinii, Trichophyton violaceum and, T. sudanense). Furthermore, after the database implementation, the mis-identification of T. interdigitale and T. mentagrophytes as T. tonsurans observed with the original database was avoided. The dendrogram obtained from the spectra of the 24 reference dermatophytes strains supplemented in the new in-house database revealed a clusterization that reflects the phylogenetic taxonomic tree of the dermatophytes reported in literature. However, the reference spectra of T. interdigitale and T. mentagrophytes segregated in a single cluster with low discrimination, suggesting high similarity between these two species. For this reason, besides MALDI-TOF MS, sequencing of their Internal Transcribed Spacer (ITS) region failed to distinguish between T. interdigitale and T. mentagrophytes. Noteworthy, the dendrogram created with the 12 proteic profiles already included in the Bruker Daltonics database and those deriving from 24 dermatophytes additional strains reproduced the reference phylogenetic taxonomic tree for all genera except Trichophyton. In particular, the reference spectra of all the strains (both original and additional) belonging to the species Epidermophyton floccosum, Trichopthyton rubrum, T. tonsurans, Microsporum canis, and M. gypseum cluster closely each other and in agreement with the phylogenetic taxonomic tree; on the contrary, the reference spectra already present in the Bruker Daltonics database of the strains belonging to the species, T. interdigitale and T. mentagrophytes, segregated separately from those implemented in this study. This latter result could explain the persisting mis-identification also after the implementation of the database. The usefullness of MALDI-TOF MS was also investigated for microorganisms other than bacteria and fungi for which the method was initially developed. The identification protocol was applied to Trichomonas vaginalis, by changing in the standard parameters used for bacterial and fungal identification. The use of new parameters setting for the creation of the reference spectra was necessary to overcame the overlapping of the peaks observed among the proteic profile obtained from the 2 media used in this study for the culture of this protozoan and those obtained from T. vaginalis reference strain. As a matter of fact, metabolite, pigments and/or nutrients contained in the media may interfer with the crystallisation process of the proteins and lead to low identificative score values. In particular, the peaks ranging from 3 to 6 kDa, including those referring to media components, were excluded from the analysis of clinical isolates. Due to the low sensitivity of MALDI-TOF MS technology (detection limit of 105 trophozoites/ml) the new method did not allow the identification of T. vaginalis directly from clinical samples. MALDI-TOF MS based on the detection of specific biomarkers was applied in order to identify and to differentiate Entamoeba histolytica (pathogenic) and E. dispar (non-pathogenic), the two genetically distinct but morphologically identical amoebae. The development of this application allowed to solve the difficulty in the creation of a dedicated database due to the complexity of the faecal material and of the media used for the cultivation (LYI-S-2 axenic medium, Robinson’s medium without serum, and Robinson’s medium with or without Escherichia coli), and to identify 5 specific peaks able to differentiate E. histolytica from E. dispar. In particular, two discriminating peaks for E. histolytica and 3 peaks for E. dispar were found. These 5 peaks did not show any interference with those found for the different culture media used for amoeba cultivation. For this reason these 5 discriminating peaks may be considered potential good markers to differentiate E. histolytica from E. dispar. The molecular weights of the 2 discriminating peaks of E. histolytica were found to correspond only to 2 specific proteins of E. histolytica present in GenBank: Amoebapore A and an unknown putative protein of E. histolytica HM-1:IMSS-A strain. This result confirmed the specifity of the peaks of E. histolytica identified by MALDI-TOF MS analysis. On the contrary, the E. dispar specific peaks did not have any correspondence with proteins deposited in GenBank. In our hands, the 5 discriminating peaks allowed us to differentiate 12 (7 E. dispar and 5 E. histolytica) of the 13 Entamoeba spp. clinical isolates grown in Robinson’s medium; the results were in agreement with those obtained by a Real-time PCR able to differentiate E. histolytica from E. dispar. For one clinical isolate identified as E. histolytica by Real-time PCR and by sequencing MALDI-TOF MS failed to discriminate the two species. This result allowed us to hypothesize the presence of amino acid/posttranslational differences in the proteins detected by MALDI-TOF MS for this strain. Further studies would be needed to verify this. However, when using MALDI-TOF MS as first-line diagnostic assay the identification of a similar strain, if any, in the future should be confirmed by Real-time PCR. The analysis performed at different incubation time on a faecal sample positive for E. histolytica, showed that specific peaks were detected even after 12h of incubation in Robinson’s medium without serum, that is the first step before the transfer of an aliquot in the complete medium when the culture for protozoa is performed. This result underlines the reliability of the discriminating peaks used in this study: they were detected also in the presence of fecal material. Finallly, we evaluated the applicability of MALDI-TOF MS as a rapid phenotypic assay for the detection of carbapenemase-producing bacterial strains, by developing a modified protocol based on the hydrolyis of the meropenem used as reference carbapenem both on reference and clinical strains. The meropenem hydrolysis assay by MALDI-TOF MS was performed on 3 reference strains and on 1219 clinical isolates (1185 Enterobacteriaceae and 34 non-Enterobacteriaceae). All results obtained, except one, were concordant with those obtained by the conventional phenotypic assays (Modified Hodge Test, MHT and disk diffusion inhibition Test, Sinergy Test, ST) routinely used in the majority of the diagnostic microbiology laboratories. The discordant result was referred to a Klebsiella pneumoniae strain, nonsusceptible to carbapenems and carbapenemase non-producer as assessed by MHT and ST, but positive to Meropenem Hydrolysis Assay (MHA). The spectra obtained by MHA showed the presence of both the peaks of intact meropenem and those of the hydrolysed drug. For this strain the genotypic analysis confirmed the MHA result by revealing the presence of the blaKPC gene. This is consistent with a low-expression of carbapenemase and it would have been missed by using only MHT and ST. This hypothesis should be confirmed by sequencing of the blaKPC gene and by the analysis of the deduced amino acid sequence. The meropenem hydrolysis assay by MALDI-TOF MS revealed to be an indirect phenotypic assay able to distinguish, as MHT commonly used as first line assay in clinical diagnostic laboratory, a carbapenemase-producing from a carbapenemase-non-producing strain both for diagnostic purpose and epidemiological surveillance. Compared to conventional methods used in the routine diagnostic laboratories which require trained personnel for the interpretation of the result and long execution times, the MHA by MALDI-TOF MS showed several advantages. The simple and easy preparation of samples, as well as the immediate acquisition of the data makes this technique a fast, cheap and reliable method for the detection of carbapenemase-producing strains. In conclusion, compared MALDI-TOF MS, independently from the approach used for the identification of microorganisms, confer in most cases a significant gain of both technician working time (preanalytical procedure to prepare samples) and turnaround time (automated analytical procedure to obtain results). The time effectiveness gained with MALDI-TOF identification compared with conventional identification approaches is even more accentuated when several isolates are analysed in parallel. Finally, the flexibility of the system, semplicity in the sample preparation, and the automatic acquisition of the data makes MALDI-TOF MS a rapid, accurate, and cost-effective (about 0.50/1.00 Euros per sample) method for microbial characterization and identification. All these results demonstrated that MALDI-TOF MS is becoming an important tool both in clinical and in experimental microbiology, thanks to the high efficiency in the microbial identification, due to the availability of both new commercial and in-house libraries, and to the possibility to successfully detect the bacterial resistance to antibiotic.