FARMACO-TOSSICO-GENOMICA: ANALISI IN VIVO, IN VITRO E DI SYSTEM BIOLOGY

Abstract

S.cerevisiae is used as an eukaryotic model for toxicogenomics studies. We took advantage of this two main features that this system offers: i) the availability of heterozygous/homozygous diploid and haploid gene deletion collections; ii) the existence of complete genomic, trascriptomic and proteomic dataset. The coupling of a classical top-down approach (using the mutants) a bottom up one (study with proteomic or trascriptomic targets and a system biology approach) has been used to provide a comprehensive knowledge of the molecular and cellular effects of chemicals in biological systems. For two different type of pharmaceutical drugs: 5fluorouracil a widely used antitumoral agents such a study cytotoxic effects and nystatin a antimicotic drug, used both systemic and topic reliable also aeffect on eukaryotic cells. We have studied mutant target, RNA effect and physiological effects of the two drugs. This result obtained has been analyses a system biology approach.

Il lievito S.cerevisiae è considerato un ottimo modello eucariotico per studi di tossicogenomica. Grazie al completo sequenziamento del suo genoma, gli studi di tossicogenomica si avvalgono di due strumenti molto importanti: 1) collezione di ceppi mutanti aploidi e diploidi eterozigoti/omozigoti ognuno identificato da uno specifico bar-code; 2) dati completi in ambito genomico, trascrittomico e proteomico. La possibilità di abbinare un approccio top-down (mediante l’uso di mutanti) ,bottom-up (mediante l’uso di geni target) e di system biology si è cercato di comprendere il meccanismo molecolare e gli effetti cellulari di specifiche molecole. A tale proposito, sono state prese in considerazione due differenti tipi di molecole: 5fluorouracile, potente agente antineoplastico, e la nistatina, farmaco antifungineo. Sono stati studiati gli effetti in cellule mutanti di lievito e in linee cellulari umane HepG2 sfruttando un approccio di system biology.